İklim değişikliği, Karayiplerdeki mercanlar da dahil olmak üzere tüm dünyadaki mercan kayalıklarını olumsuz etkiliyor. Yükselen deniz sıcaklıkları ve asitleşme, mercan ekosistemlerinin ölmesine neden oluyor ve bilim insanları mercanların beyazlaşmasına neden olan mercan ağartmalarında da bu sebeple bir artış görüldüğünü belirtiyor.
Kuzey Atlantik’te, iklim değişikliğinin resifler üzerindeki etkisi, sıcak denizlerle beslenen tropik fırtınalar ve kasırgaların sıklığı ve yoğunluğunun artmasıyla daha da kötüleşti. Bu fırtınalar mercanlara zarar verebiliyor. Yakın tarihli bir araştırma, Karayipler’de, resiflerin fırtına sonrasında kendilerini yenilemeleri için en az sekiz yıl gerektiğini söylüyor.
Ancak bu sorun sadece resifleri etkilemiyor. Bazı araştırmacılar, deniz seviyesinin yükselmesi, tehlikeli fırtına dalgalanmaları ve kasırgaların kombinasyonunun bölgedeki ada ülkelerinin varlığını tehdit edeceğini öngörüyor. Önümüzdeki yüzyılın sonuna gelindiğinde, Bahamalar’ın tamamen batmış olduğu öngörülüyor. Bermuda, Antigua ve Barbados bölgelerinin en az yarısını kaybediyorlar; Belize ve Florida’nın güneyinde (Miami dahil) çoğu bölgenin %25’i kaybedilebilir.